Menurut cerita yang di gali dari masyarakat dulu pada zaman penjajahan belanda Bupati pertama Madiun Ronggo Jumeno dan demang kebonsari pertama yaitu R. Mangun diharjo ( H. Faqih Ibrahim ) dan karena pada waktu itu teknologi belum canggih sehingga orang sulit mendapatkan air dan hanya menggantungkan air hujan , untuk itu tanaman yang kuat terhadap kekurangan air adalah tebu .
Secara tradisional pemrosesan di giling dengan alat serba kayu dan di tarik dengan hewan sehingga menghasilkan sari tebu dan dinamakan gula jawa, alhasil desa atau tempat tersebut dinamakan Kebonsari ( Sarinya Kebun ).
Silsilah Kepala Desa :
Kepala Desa I : SARBI Tahun 1930 s/d 1942
Kepala Desa II : KROMO HARJO Tahun 1943 s/d 1967
Kepala Desa III : KH. RIDLWAN SYAHIR Tahun 1968 s/d 1985
Kepala Desa IV : SUHARTO Tahun 1986 s/d 1997
Kepala Desa V : HM. SUKARNO Tahun 1998 s/d 2006
Kepala Desa VI : KAHONO Tahun 2005 s/d 2015
Kepala Desa VII : DYAH KURNIATI, S.sos Tahun 2015 s/d 2021
Desa Kebonsari sebagian besar merupakan lahan pertanian terdiri dari tanah
Pertanian : 360 Ha dan tanah darat 102 Ha. Luas wilayah tersebut tidak termasuk
Sungai dan jalan.
